商业合同中仲裁机构的处理，存在以下特殊情况或例外情形：
1. 合同中仲裁机构名称书写错误但可确定具体机构：如合同约定“中国国际贸易仲裁委员会”（正确为“中国国际经济贸易仲裁委员会”），若结合合同内容、双方交易习惯等可确定指向该机构，仲裁条款仍可能有效，不影响向该机构申请仲裁。
2. 合同未约定仲裁机构但事后达成补充协议：若合同签订时未约定仲裁机构，纠纷发生后双方通过书面补充协议选定了仲裁机构，该补充协议有效，当事人需按补充协议向选定的机构申请仲裁。
3. 仲裁机构因特殊原因无法受理：如选定的仲裁机构因政策调整暂停受理案件，当事人需协商变更仲裁机构，或通过诉讼解决争议，否则可能导致争议无法及时处理。
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商业合同中涉及仲裁机构的问题，可能存在以下法律风险点：
1. 仲裁条款无效风险：若合同中未明确选定仲裁机构，或机构名称错误导致无法确定具体机构，仲裁条款可能被认定无效，当事人需通过诉讼解决争议。例如：合同约定“由北京市仲裁委员会仲裁”，但正确名称为“北京仲裁委员会”，若无法证明双方实际指向该机构，条款可能无效。
2. 丧失仲裁权利风险：若仲裁条款无效，当事人可能因超过诉讼时效而丧失胜诉权。例如：合同纠纷发生后，当事人一直依赖无效的仲裁条款，未及时向法院起诉，导致超过三年诉讼时效，无法通过法律途径维护权益。
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针对商业合同中能否指定仲裁机构的问题，可依据《中华人民共和国仲裁法》的具体规定进行分析：
根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条（现行有效），仲裁协议包括合同中的仲裁条款及纠纷发生前后达成的书面仲裁协议，需具备“请求仲裁的意思表示、仲裁事项、选定的仲裁委员会”三项内容。商业合同作为典型的民商事合同，若双方在合同中明确约定了具体的仲裁机构（如“中国国际经济贸易仲裁委员会”），则该仲裁条款符合法定要件，对双方具有约束力。因此，商业合同中可以指定仲裁机构，只要仲裁条款内容完整、明确，即可作为解决争议的合法依据。
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您询问的商业合同仲裁机构相关问题，首先需明确合同中是否存在有效的仲裁条款。下面为您分情况详细说明：
商业合同中可以指定仲裁机构，但需满足法定条件。
1. 若合同中已明确约定仲裁机构：双方需按约定向该机构申请仲裁，如约定“因本合同产生的争议由北京仲裁委员会仲裁”，则纠纷发生时应提交北京仲裁委。
2. 若合同未约定仲裁机构但事后达成补充协议：双方可在纠纷发生后协商选定仲裁机构，补充协议需符合《仲裁法》对仲裁协议的形式要求。
3. 若合同仲裁条款中机构名称表述不规范：如“由本市仲裁委员会仲裁”，若能结合合同签订地、履行地等确定唯一仲裁机构（如本市仅一家仲裁委），则条款可能仍有效。

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