员工工作期间患癌症不能继续工作时，可能面临以下法律风险：1.诉讼时效风险：若员工未在劳动争议发生后1年内申请仲裁，将丧失追讨医疗期工资的权利。例如，员工2023年1月医疗期结束，公司未支付工资，若2024年2月才申请仲裁，仲裁机构可能因超过时效不予受理。2.证据链断裂风险：若员工未保留劳动合同、医疗证明或工资条，将无法证明劳动关系、医疗期时长及工资标准。例如，员工仅口头向公司说明患病，未提交正规医疗证明，公司可能否认医疗期存在，拒绝支付工资。
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针对员工工作期间患癌症的工资支付问题，《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》等法律法规提供了明确依据：《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条明确，医疗期根据员工实际工作年限和本单位工作年限确定：实际工作年限10年以下，本单位工作年限5年以下的为3个月，5年以上的为6个月；实际工作年限10年以上，本单位工作年限5年以下的为6个月，5-10年的为9个月，10-15年的为12个月，15-20年的为18个月，20年以上的为24个月。同时，《关于贯彻执行〈中华人民共和国劳动法〉若干问题的意见》第59条规定，医疗期内企业支付的病假工资标准不得低于当地最低工资标准的80%。结合问题，若员工处于法定医疗期内，公司需按上述标准支付工资；若医疗期满，公司无继续支付医疗期工资的义务，但需依法处理劳动合同关系。
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员工工作期间患癌症不能继续工作时，需避免以下常见错误操作：1.未及时申请医疗期认定：部分员工因未主动向公司提交医疗证明，导致公司未按医疗期标准支付工资，甚至被认定为旷工。2.忽视仲裁时效：劳动争议申请仲裁的时效为1年，若员工在医疗期结束后超过1年才主张工资权益，可能丧失胜诉权。3.盲目接受公司不合理条件：如公司以“自愿放弃医疗期工资”为由要求员工签署协议，员工若未了解法律规定盲目签署，将无法再追讨合法工资。若您不确定自己的操作是否合法，或遇到公司不合理要求，建议及时向专业律师咨询，避免权益受损。
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员工工作期间患癌症不能继续工作时，以下特殊情况会影响处理结果：1.公司与员工协商延长医疗期：若公司因员工病情特殊，与员工协商一致延长医疗期，延长期间公司仍需按医疗期工资标准支付工资。例如，员工法定医疗期为6个月，公司与员工协商延长3个月，延长的3个月内公司需继续支付不低于最低工资80%的工资。2.癌症被认定为职业病：若员工的癌症被职业病诊断机构认定为职业病（如长期接触致癌物质导致），则属于工伤，医疗期内原工资福利待遇不变，由公司按月支付，且可享受工伤医疗待遇。例如，员工在化工厂长期接触苯导致白血病，被认定为职业病后，公司需按原工资标准支付医疗期工资，并承担工伤医疗费用。3.公司经营困难无法支付：若公司因经营困难确实无法支付医疗期工资，需与员工协商延期支付或分期支付；若协商不成，员工可通过仲裁要求公司支付，但公司可能因破产等原因无法实际履行。

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